Intelektinės nuosavybės teisės į mobiliąją programą ir jos elementus lemia, kas turi teisę ja naudotis ir gauti pajamų. Šių teisių turėtojas gali uždrausti kitiems asmenims nesąžiningai nukopijuoti ar kitaip neteisėtai naudoti mobiliąją programą ar jos elementus be jo sutikimo. Jis gali spręsti ir dėl leidimo įterpti programoje papildomus elementus (pvz., reklamą). Mobiliųjų programų parduotuvės numato draudimus įkelti programėles, pažeidžiančias trečiųjų asmenų prekių ženklus, autorių teises, patentus arba trečiojo asmens licencijos, kuria remiantis buvo kuriama taikomoji programa, sąlygas.

Svarbu žinoti – ir prireikus galėti įrodyti, kad iš tikrųjų Jums priklauso su mobiliąja programa susijusios intelektinės nuosavybės teisės. Jei jos (ar jų dalis) priklauso ne Jums – jų naudoti be šių teisių turėtojo sutikimo paprastai negalėsite. Tokiu atveju galite susidurti su sunkumais norint platinti programą. Tokios problemos neretai išryškėja tik tuomet, kai galutinis produktas tampa populiarus ir jo kūrime dalyvavę asmenys iš naujo apsvarsto, ar jiems tinkamai atsilyginta ir ar jie negali reikšti teisinių pretenzijų į gaunamą naudą.

Pagalvojus apie mobiliąją programą, mintyse iškyla kompiuterinė programa, aplikacijos ikona, paveikslėliai, muzika, tekstas. Visi šie elementai, kiekvienas atskirai, paprastai bus saugomi autorių teisių. Autorių teisės saugo kūrinius – objektyvia forma išreikštus žmogaus kūrybos rezultatus. Kompiuterių programa taip pat yra teisiškai saugoma pagal autorių teisę, jeigu ji yra originali (ne nukopijuota, o originaliai sukurta).

Autorių teisės atsiranda nuo pat kūrinio sukūrimo momento, ir jų nereikia registruoti. Tai patogu, nes nereikia papildomų registravimo formalumų, laiko ir kaštų. Kita vertus, tokioje situacijoje gali būti sudėtinga nustatyti, kam jos priklauso.

Pagal bendrą taisyklę, autorių teisės į kūrinį priklauso jį sukūrusiam fiziniam asmeniui ar asmenims. Tačiau tais atvejais, kai kūrinį sukuria darbuotojas, turtines teises į kūrinį paprastai įgyja darbdavys. O būtent, kai kompiuterių programą sukuria darbuotojas, vykdydamas savo darbo funkcijas, turtinės autorių teisės į kompiuterių programą priklauso darbdaviui, jeigu nesusitarta kitaip. Kai darbuotojas, vykdydamas darbo funkcijas, sukuria kitokį kūrinį (paveikslėlius, tekstą ir t. t.) – teisės į jį pereina darbdaviui ne visam laikui, o tik 5 metams. Taigi įmonei, kuri kompiuterinių programų ar kitų mobiliųjų programų elementų (vaizdų, teksto ir pan.) kūrimui pasitelkia darbuotojus, svarbu užtikrinti, kad būtų tinkamai aprašytos tokio darbuotojo darbo funkcijos. Priešingu atveju – neįrodžius, kad darbuotojo darbo funkcija buvo kurti tokius objektus, įmonė gali tiesiog neįgyti teisių į juos. Taip pat svarbu įvertinti, kad tik kompiuterinių programų atveju turtinės teisės visam laikui pereina darbdaviui – kitų kūrinių atveju jos pereina tik 5 metams. Todėl siekiant, kad šios teisės įmonei priklausytų ilgesnį laiką, reikalinga dėl to atskirai raštu susitarti.

Norint programoje panaudoti įstatymų saugomą kito asmens (ne darbuotojo) kūrinį, reikalinga dėl to susitarti raštu, aptariant Jums suteikiamų teisių apimtį (kokiais tikslais ir būdais galite naudoti kūrinį, ar Jums teisės perduodamos, ar tik suteikiama licencija (kuriam laikui?), ar licencija suteikiama išimtinė, ar neišimtinė (ar kiti asmenys galės naudoti tą patį objektą) ir kt.) ir atlyginimą teisių turėtojui.

Kai turimą informaciją nori apsaugoti įmonė, pagal Lietuvos įstatymus ji visų pirma turėtų pasitvirtinti komercinių paslapčių sąrašą ir įtraukti į jį tokio pobūdžio informaciją. Su tokiu sąrašu pasirašytinai supažindinami įmonės darbuotojai. Su darbuotojais neretai tikslinga sudaryti ir papildomus susitarimus: dėl darbo su konfidencialia informacija tvarkos, dėl įsipareigojimo nekonkuruoti su darbdaviu tam tikrą laiką po darbo santykių pasibaigimo, ir pan.

Mobiliosios programos logotipą, jo pavadinimą ar kitą išskirtinį žymenį galima registruoti ir kaip prekių ženklą. Prekių ženklas – tai prekės ar paslaugos vardas. Jo paskirtis – identifikuoti, iš kokio gamintojo (plačiąja prasme) yra kilusios prekės ar paslaugos. Prekių ženklo savininkas turi teisę uždrausti kitiems asmenims tokiu pat ar panašiu ženklu žymėti panašias prekes ar paslaugas.

Prekių ženklai apsaugą įgyja juos registruojant. Tuomet pasirenkama pageidaujama ženklo įregistravimo (ir atitinkamai, jo apsaugos) teritorija, nurodomos prekių ar paslaugų kategorijos, kurioms siekiama įgyti teises į atitinkamą ženklą. Nuo pageidaujamos ženklo apsaugos teritorijos ir prekių ar paslaugų sąrašo priklausys ir prekių ženklo registravimo kaina.

Mobiliosios programos dizainas (piktograma, šriftas, iliustracijos) galėtų būti saugomas ir pagal dizaino teisę. Dizainas įstatyme apibrėžiamas kaip viso gaminio ar jo dalies vaizdas, sudarytas iš gaminio ir (arba) jo ornamentikos specifinių savybių – linijų, kontūrų, spalvų, formos, tekstūros ir (arba) medžiagos. Dizainas gali būti apsaugotas, jeigu jis yra naujas ir turi individualių savybių (jo bendras įspūdis skiriasi nuo visų kitų anksčiau rinkoje buvusių dizainų).