Miniatiūrų muziejus Juodkrantėje jau turi savąją istoriją, nes 1976–1989 m. jis veikė Juodkrantės bažnyčioje. 13 metų lankytas maldos namuose šis muziejus buvo ypač populiari Lietuvos dailės muziejaus kultūros ir meno institucija Neringoje, pamėgta vietinių gyventojų bei poilsiautojų. 2007 metais Miniatiūrų muziejus vėl atkurtas.