Однако SLED еще предстоит побороться с Windows. Первая проблема — совместимость. В лучшем случае, придется проводить переподготовку пользователей, в худшем, если в Linux нет аналога необходимого приложения под Windows, а последнее не работает в эмуляторе (WINE), проблема превратится в непреодолимое препятствие. Возможно, решением станет переход под хостинговые приложения, когда пользователь работает с ними удаленно, через стандартный браузер.

Еще одна проблема со SLED — в больших масштабах общая стоимость пользования рабочей станцией для Windows и Linux не сильно отличается: большинство крупных компаний платят за обслуживание компьютерного парка сервисным фирмам примерно одинаковую цену, вне зависимости от операционной системы. Кроме того, экспертов в области Windows достаточно много, а команд поддержки продуктов Microsoft гораздо больше, чем тех, кто обслуживает Linux.