Суперкомпьютер предназначен для биологических исследований, в том числе изучения белка, анализа причин болезней на молекулярном и атомном уровне и разработки эффективных лекарственных препаратов. Он установлен в одном из исследовательских центров института в городе Иокогама, занимая площадь порядка 60-80 квадратных метров. Пиковая производительность MDGRAPE-3 почти в три раза выше, чем у считавшегося до сих пор самым быстрым суперкомпьютера «БлюДжин/Л» американской корпорации Ай-Би-Эм, который может производить «всего» 360 триллионов операций в секунду.